“中心”培育以来，以经济建设和理论创新为中心，以国家急需世界一流为目标，以提高人才培养、科学研究、学科建设、社会服务质量效益和调动人的积极性为出发点和落脚点，对体制机制改革整体设计，全面系统推进，重点突破，在八个方面进行了改革：

一是革新了顶层治理结构，建立了理事会、学术委员会，实行理事会领导下的主任负责制，统一制定制度政策。二是革新人事管理制度，重点在招聘、薪酬以及聘任三个方面实现突破，形成多元、开放、动态的人才使用模式。三是改变单纯以论文数量、获奖为主的考评方式，以质量和贡献为核心建立了科学考核体系，激励与约束并存。四是建立了协同攻关机制，形成协同创新文化。五是坚持学科交叉融合的导向，紧紧围绕人才这一协同创新的核心要素，积极整合现有参与单位人力、物力与财力等资源，避免参与单位资源的重复投入，提高创新资源配置效率。六是坚持以人才培养为根本任务，改革人才培养模式，以新的体制机制创办经济学拔尖创新人才试点班，强化参与单位紧密合作，培养公能兼备的创新拔尖人才。七是构建成果共享制度，优化协同创新效果。“中心”尊重协同创新与联合攻关过程中参与各单位与人员的贡献，强调研究成果的共属特性，建立了完备的资料数据库、管理信息系统与使用平台，制定规范的资料数据管理制度，明确参与各单位与人员使用“中心”内部各平台科研成果的权限与范围。八是坚持“引进来、走出去”的重要精神，创新对外合作模式，创新文化传承机制。

通过改革，新型的协同创新机制和体制框架基本建立，不仅为协同创新提供了制度保证，而且也推动了高校体制机制改革。协同单位出台了许多深化改革的措施，有的是在中心先行先试后再推开，有的则是借鉴中心的经验在面上予以推广。

特别是人事制度改革，人才培养模式改革和协同创新机制改革，不仅充分调动了教师和研究人员的积极性，而且为高校人事制度改革探索了新路子，起到了促进作用。

“中心”实施了三项人员聘用和考评制度：一是协同创新中心聘用四校一所骨干人员的办法和考评制度；二是协同高校教授互聘和考评制度；三是协同高校聘任海外教授和考评制度。同时，实施了以项目为牵引的动态稳定的“首席专家负责制”和“项目专职科研人员聘用制”的人才聘用和管理模式；并实施了以质量和贡献为核心，新的人员和成果评价指标体系。这些制度和措施的实施，打破了高校原有的用人机制和考评办法，打破了高校长期形成了人员不能流动、“铁饭碗”的人事制度，充分调动了教师和研究人员的积极性，也推动了“中心”所在单位的人事制度深化改革。

“中心”建立了人才培养的协同机制，为人才培养模式和体制改革探索了新路。中心依据《中国特色社会主义经济协同创新中心拔尖创新人才培养办法》的相关规定，实施本科生培养改革，积极探索人才培养的新模式，在以下两个层面进行了人才培养协同机制的建设工作：一是以新的模式试办经济学拔尖创新人才试点班；二是建立了寓学寓教于研的研究生培养机制，协同各方共同培养、共享资源与成果，探索以高水平研究为支撑的拔尖创新人才培养模式。这些措施的实施，基本实现了协同创新中心的各方在本科教学和人才培养工作中的全面合作，并积聚和培养一批综合素质高、创新能力强的经济管理拔尖创新人才，基本建立了从本科到硕士、博士研究生的开放式人才培养协同机制。中心人才培养模式和机制的改革，为高校人才培养模式和体制改革探索了新路，起到了重要促进作用。

“中心”建立了跨学科协同的创新机制，为高校科研体制改革探索了新路。“中心”的建设是一项横跨多学科的复杂系统工程，不仅仅局限于经济学学科，而需要开展综合性的跨学科研究。“中心”自组建以来，以课题为纽带，整合了相关的人文社会科学和自然科学学科，开展了跨学科研究，既强化已有优势又能不断开拓新的方向。目前，跨学科协同发展的阶段性协同目标已取得很好的进展，不仅大大提升了中心自身的协同攻关能力，而且为高校科研体制改革探索了新路，起到了重要促进作用。