上世纪70年代以来,随着我国对生态环境问题的逐渐重视,当时本学科就承担了20余项国家和地方科技攻关项目,取得了一系列重要研究成果,为本学科的进一步发展奠定了基础。90年代以来,在瞄准国际生态学前沿的基础上,紧密结合国家和环渤海地区需求,在解决一系列生态学问题中逐渐形成特色和优势,整体居于国际先进或国内领先的学术地位,继续为国家培养了一批博士和硕士专业人才。其中,1993年南开大学生态学学科获二级博士学位授权点,1999年成为微生物学天津市二级重点学科重要组成部分,2006年生态学为天津市二级重点学科。
近年来,学校根据学科发展以及国家和天津市等地方需求,责成环境科学与工程学院和生命科学学院共建生态学学科,大大促进了该学科的发展。2011年,获调整后首批生态学一级博士/硕士学位授权点;同年,还被批准为天津市一级重点学科。2012年又被教育部批准设立生态学博士后首批流动站。目前是国务院学位委员会生态学学科评议组成员单位。
本学科当前分为7个研究方向,各具特色,即理论生态学、环境生态学、污染生态学、全球变化生态学、工业生态学、恢复生态学、生态规划与管理。其中,污染生态学、环境生态学是南开大学重点和优势研究方向和分支学科,在国内外均具有重要和领先地位。为了应对人类为解决一系列全球性生态环境问题的需求,南开大学全球变化生态学研究方向从无到有,近年来得到迅速发展。