元素有机化学国家重点实验室始建于1985年，是首批国家重点实验室。在聂荣臻元帅的亲切关怀下，著名化学家杨石先教授带领陈茹玉院士和李正名院士等老一辈科学家创建，于1987年通过国家验收并正式对外开放。目前，实验室共有固定研究人员53人，大型仪器支撑人员7人，专职管理人员1名。其中中国科学院院士4人，国家杰出青年基金获得者10人，国家“四青”人才26人次。实验室学术委员会由来自全国科研单位的17位专家组成。

新时代，实验室始终坚持以国家重大战略需求和世界科技前沿为导向，研究新试剂，新催化剂及新反应，发展新的合成方法，创造绿色农药、分子材料等有机新物质，研究物质结构与性能的关系。近10年来，承担了大批国家重大基础研究和重大科技攻关项目，在国内外学术刊物上发表近4000篇高水平学术论文，出版近百部权威专著。多项国家和省部级奖项：2019年周其林团队获国家自然科学一等奖；2018年陈永胜团队获国家自然科学二等奖；2014年卜显和团队获国家自然科学二等奖；2010年刘育团队获国家自然科学二等奖；李正名团队“超高效磺酰脲除草剂创制”项目入选改革开放40周年高校科技创新成就展；2018年周其林获未来科学大奖以及“全国教书育人十大楷模”称号。经过近四十年的建设，实验室已成为国际著名的有机化学及农药学研究机构。

元素有机化学国家重点实验室自建立以来始终坚持“开放、流动、联合、竞争”的运行方针，在科学研究、队伍建设、对外开放、人才培养和学术交流等方面都取得了显著的成绩，先后7次顺利通过了国家计委和科技部组织的评估。以程津培院士为学术带头人的“功能有机分子的构筑与构效关系研究”项目、以周其林院士为学术带头人的“杂原子有机化学”项目、以崔春明教授为学术带头人的“元素有机化学”项目分别于2004年、2011年、2022年获得国家自然科学基金委创新研究群体项目资助。

实验室从2009年开始，建立创新引才制度，形成了一套完整的人才引进、培养及评审体系。目前已引进了28位的高层次青年人才，他们已逐渐成为实验室的中流砥柱。实验室还持续引进青年助理研究员25人，有力加强了团队建设以及后备研究力量的储备。目前在实验室学习的博士和硕士研究生 500 余人。多年来为国家输送了数千名博士和硕士研究生。实验室每年举办上百场学术交流研讨会，将“引进来”和“走出去”紧密结合，全面提高对外开放水平。设立陈茹玉奖学金、万香奖学金、TCI创新奖学金等奖学金，开展丰富的文体活动，极大丰富了师生的业余生活。

实验室拥有一流的大型仪器平台，包括磁共振平台、质谱平台、电镜平台、单晶平台、计算平台、有机功能材料平台、农药生物活性测试平台等七个平台，并配套专业的技术支撑人员。有效满足了物质结构及功能分析的多样性需求，为实验室的高水平科学研究提供了强大的支撑。

2019年1月17日，习近平总书记视察南开大学，并察看了元素有机化学国家重点实验室，勉励南开师生要加强基础研究，力争在原始创新和自主创新上出更多的成果，勇攀世界科技高峰。受此鼓舞，实验室在新的历史时期坚持“四个面向”，面向国家在医药、生态农药及新材料等方面的重大需求，以有机新物质创造为核心，围绕元素有机化合物、生态农药创新基础、有机分子材料三个核心方向开展创新性研究，积极推进与生命、材料、环境等学科的交叉融合，开展贯通式研究，努力提升创新能力。

（更新于2023年12月）