南开微生物学科具有悠久的历史，1955年在真菌学家周与良先生的带领下，南开成立了微生物学专业，是国内最早的同类学科之一， 1993年随生命科学院的成立升格为微生物学系。经过50余年的努力，南开微生物学系在教学和科研方面都取得了丰硕的成果，在国内外享有很高声誉。微生物学科是国内最早设立博士点和博士后流动站的微生物学科之一，并于2001年成为国家重点学科，目前已建成实力雄厚、门类齐全的综合性学科。

    南开微生物学系荟萃了众多国内外知名专家学者，现有教授20余人，组成以教育部“新世纪优秀人才”为骨干的中青年学术创新团队。进入新世纪以来，本学科取得了飞越发展，2001-2005年的“十五”期间，投入建设资金10123.5万元，其中约5000万元为科研经费，承担多项国家和地方的重大研究项目，一大批研究成果发表在Nature、PNAS、J. Virol、J. Bacteriol.等重要学术刊物上。微生物功能基因组学与生物信息学实验室已成为我国少数可以独立完成微生物全基因组测序和注释的实验室之一。“十五”和“十一五”期间在原有研究室的基础上，还建成具有国际先进水平的微生物功能基因组学与生物信息学研究平台，百级洁净度基因芯片实验室，蛋白质组学研究平台，微生物发酵工程平台，微生物过程分析平台和微生物菌种资源保藏等公共平台。学科已获得“教育部微生物功能基因组与检测技术工程研究中心”和“教育部分子微生物学与技术教育部重点实验室”立项，建成了天津市微生物功能基因组学和芯片技术重点实验室。微生物学系将继续保持快速发展的良好势头，力争早日建设成国际高水平一流学科。