1946年，昆虫学家萧彩瑜教授在南开大学创建了昆虫学科点，是国内最早的同类学科之一。二十世纪80年代建立了昆虫学研究室，2003年12月31日在此基础上建立了南开大学昆虫学研究所。经过60余年发展，在教学和科学研究方面都取得了丰硕成果，在国内外享有很高声誉，是国内设立昆虫学博士点最早的学科之一。

    本所下设半翅目、双翅目、鳞翅目、昆虫分子系统学、昆虫生理、昆虫病理学、害虫防治研究室和标本馆。标本馆拥有采自中国和其它国家的昆虫标本100余万号，其中包括一批半翅目，双翅目和鳞翅目的模式标本以及其它一些珍贵的昆虫种类。

    本所承担多项国家、部委及省市级研究项目，继续承担国家基础科学人才培养-昆虫分类学特殊学科点的建设和人材培养任务。其中多项国家和省部级项目获得了奖励。目前本所主要集中于应用形态学、分子系统学、生物地理学等方法进行半翅目、双翅目及鳞翅目昆虫的分类学、分子系统发育、动物地理学和进化生物学的研究，同时还进行昆虫生理生化、昆虫病理学、害虫防治和昆虫与植物相互关系等方面的研究。现已出版专著多部，在国内、外期刊发表学术论文700余篇。

    目前，有博士后2人，博士19人，硕士27人。该所面向国内、外招收博士后、博士研究生和硕士研究生。