蛋白质谱平台简介

负责人：                                                                李磊教授                                 鲁聪聪副教授

实验师：                                                    吴玉珍             付丽娅

蛋白质谱平台位于新生物站C105室，配备了目前国际上分辨率最高和功能最完善的Orbitrap Eclipse三合一超高分辨质谱仪。可应用于定性蛋白质组学、定量蛋白质组学、修饰蛋白质组学、蛋白互作和结构分析等研究。

仪器于2021年4月安装完成开始测试，面向校内外用户提供样品测试服务。运行以来，为校内外完成数千个样品的测试，质谱分析结果发表在多个重要国际影响力的期刊，并与中科院遗传所、北京大学医学部精准医疗中心等单位进行交流合作。

检测服务内容

一、4D蛋白质组学及多肽组学

目前，蛋白质组学质谱分析一般是根据保留时间（retention time）、质荷比（m/z）、离子强度（intensity）这三个维度对蛋白质进行鉴定和定量，即3D蛋白质组学。4D蛋白质组学在3D蛋白质组学的基础之上增加了第四维度，离子淌度（ion mobility）。Orbitrap Eclipse三合一质谱，是目前市场上最灵敏和最多功能的质谱系统；结合FAIMS Pro 离子淌度分离，从根本上提高了蛋白质定量分析的灵敏度和准确性，无论蛋白质鉴定数目、蛋白定量准确性和精确度、TMT定量准确性、交联肽段鉴定数目还是PTM（翻译后修饰）鉴定数目，都有了全面的提升。

自下而上（bottom-up）和自上而下（top-down）是两种基于生物质谱分析的蛋白质组学方法。自下而上法，也称为鸟枪法（shotgun），是蛋白质组学研究中广泛使用的质谱技术。其基本过程是将蛋白质用胰蛋白酶（Trypsin）消化成短肽混合物，对多肽进行分离和离子化后，通过串联质谱分析生成肽指纹图谱以进行鉴定，对多肽进行组装后推导出可能的蛋白质信息。目前，4D蛋白质组学刷新了bottom-up的鉴定数目，可以完成深度的全蛋白组学分析。南开大学生命科学学院蛋白质组学中心所用的Ecplise 结合FAIMS Pro，在200 ng HeLa 酶解样品进样量条件下，60 min 即能稳定鉴定到5800 以上个蛋白质。

多肽组学包含：

肽纯度分析

多肽组学分析

多肽生物标志物鉴定

多肽质谱鉴定

二、定量蛋白组分析

基于Label Free的定量蛋白组分析

基于标签的蛋白质定量技术TMT，SILAC

三、翻译后修饰分析

磷酸化定量蛋白组学研究

乙酰化定量蛋白组研究

泛素化定量蛋白组学研究

糖基化定量蛋白组学研究

甲基化定量蛋白组学研究

四、蛋白质质谱鉴定

1. 对纯化蛋白溶液进行蛋白质质谱分析/质谱鉴定；

2. 对蛋白考染、银染胶点/胶条样品质谱鉴定；

3. 对pull-down蛋白质谱鉴定、IP蛋白互作的IP-MS互作蛋白鉴定、Co-IP质谱验证互作蛋白，免疫共沉淀结合质谱验证，等简单混合物样品中的蛋白样品进行蛋白质鉴定/分析；

4. 对复杂样品中的未知蛋白质进行蛋白质谱分析/蛋白质谱鉴定。即使是非常低浓度的蛋白样品也可能通过蛋白质谱鉴定。

联系我们

1.邮件联系质谱平台老师并附件发送样品登记表。

联系方式：吴玉珍nkskywyz@nankai.edu.cn 付丽娅fuchu12@nankai.edu.cn

2.登录南开大学大型仪器平台进行测试预约 大型仪器管理系统 (nankai.edu.cn)，预约前请认真阅读质谱送样须知、质谱平台收费办法，填写样品登记表。