南开大学药学院正式成立于2007年3月15日，2008年9月，南开大学药学院药学专业正式招生；2011年，药学院联合我校化学学院、生命科学学院、医学院的优势力量，共建药物化学生物学国家重点实验室；2015年12月，药学院整体入驻津南新校区。
药学院始终坚持“秉公能精神，育药学英才，创济世良药，佑人类健康”的院训，以创建一流大学、建设一流学科为目标，着力培养生物医药领域拔尖创新人才，建设国际水平的生物医药教学科研队伍、开展国内外领先的创新药物研究并实现成果转化。
学院高度重视创新型人才培养工作，在课程体系、教学内容、组织形式、实践环节等方面进行了多项改革创新，取得了显著成绩。学院现有2个本科专业（药学、药物化学），3个科学硕士专业（药物化学、微生物与生化药学、生药学），1个工程硕士专业（制药工程），1个药学一级博士专业，1个生物与医药博士专业。截至目前学院已培养794名本科生，1213名硕士研究生和205名博士研究生。
学院注重构建结构合理、学识渊博、治学严谨的教学科研团队，已经形成了一支以中国科学院院士、国家“973”项目首席科学家等为核心的师资队伍，学院现有教授（研究员）31名，副教授（副研究员）14名，讲师（助理研究员）20人。其中博士生导师25名，硕士生导师45名。现有“973”项目首席科学家1人，新世纪优秀人才1人，国家级青年人才10人，天津市领军人才1人，天津市杰青2人，天津市青年科技优秀人才3人，天津市“131”创新型人才培养工程第一层次人选1人、第二层次人选1人、第三层次人选8人，天津市首批“用三年时间引进千名以上高层次人才”资助人选2人，南开大学百名青年学科带头人7人，南开大学教学名师1人。在专任教师中，拥有博士学位的人员达到100%。目前，在校学生共计729人，其中本科生223人，硕士生358人，博士生148人。
学院着眼于突破从药物发现到临床前研究中的关键技术，不断提高自主创新能力。学院现有42个科研实验室，拥有1个天津市分子药物研究重点实验室，1个天津市医药数据分析与统计研究重点实验室，1个天津市普通高等学校实验教学示范中心，1个肿瘤免疫药物国际联合研究中心，1个南开-天津药业协同创新实验室，1个南开-华润精准创新药物研发中心，1个药学分析测试中心，1个计算机虚拟筛选平台及1个药用植物园。在此基础上，药学院积极面向国家公共卫生重大战略需求，针对恶性肿瘤、重大传染性疾病、代谢性疾病、心脑血管疾病等重大疾病开展基础与应用研究，承担了多项国家科技重大专项项目、国家“973”、“863”计划项目、国家自然科学基金重点及面上项目，全力推进基础研究成果的临床转化工作，取得了一系列创新性的研究成果。
学院共承担各类科研项目619项，其中科技部“973计划”4项，“863计划”2项，“重大新药创制”科技重大专项2项，国家重点科学研究计划9项，国家重点研发计划11项，国际合作项目2项，国家自然科学基金131项，省部级科研项目78项，校级项目89项，横向项目291项。申请经费共计28429万余元，到账经费21910万元。发表SCI论文853篇，其中顶级期刊15篇。申请专利342项，已授权145项。
申报临床批文2项，获批2项。盐酸多西环素片于2016年和2017年分别获得了针对抗肿瘤转移和抗肺纤维化的2项新药临床批件。
学院积极推行“走出去”和“引进来”的学术双向交流模式，不定期邀请国内外专家学者来院做学术报告。每年选派优秀青年教师赴国外高水平大学研修。与哈萨克斯坦国立师范大学签订战略合作协议。与华润生物医药集团签署合作协议。与丹娜（天津）生物科技有限公司联合申报重点实验室。2009年石药集团在南开大学设立石药奖学金。2015年北京百生康生物科技有限公司在南开大学设立百生康奖学金。2018年上海澄穆生物科技有限公司在南开大学设立至本奖学（教）金。2018年天津益倍生物科技集团有限公司在南开大学设立益倍追求卓越奖学金。2019年天津冠勤医药科技有限公司在南开大学设立的冠勤奖学金。2021年山西临县华烨煤业有限公司在南开大学设立新民-南开药学教育基金。
沐渤海的磅礴大气，浴津河的传统雅韵，秉承“允公允能、日新月异”的校训，以“为人类健康，创一流药学”的使命和责任，南开大学药学院将进一步解放思想，勇于创新，破解发展中的难题，推动学院更好更快的发展，有力提升南开药学学科在国内外的地位和影响力。
（数据截止2023年9月）