比较语言学研究中心是在原南开大学中文系汉语少数民族语言研究室的基础上建立的。该研究机构及其依靠学科历史悠久，从邢公畹先生在西南联大时期建设“边疆人文研究室”起，已有六十余年历史；特色明显：在国内综合性高校中独有“中国少数民族语言文学”等语言学类全部博士授权，长期致力于中国境内少数民族语言和与之有亲缘关系的境外民族语言的多种专语研究及其与汉语的比较研究；阵容齐整：既有民族语言研究的专家，又有汉语言研究专家，且多数通晓、兼擅汉语和数种少数民族语言，在语法、词汇、语音、文字诸方面均有专长者。中心现有教授10人，博士生指导教师8人，近年有比较语言学方面的十多部学术著作出版、数十篇论文发表；学科基础坚实：具有一级学科博士学位授权和博士后科研流动站，3个相关二级学科“中国少数民族语言文学”、“汉语言文字学”、“语言学及应用语言学”均培养过博士生，近来又受权自主设置新增了极富特色、与中心宗旨完全一致的“比较语言学”硕士/博士授权学科。
比较语言学研究中心的建立，缘于现有的以中国境内语言为主要研究对象的两个二级学科——“汉语言文字学”和“中国少数民族语言文学”，分别研究汉语和中国的少数民族语言，而实际上，汉语与周边少数民族语言及其他某些非汉语语言，存在着无法割断的、极其密切的历史关系——亲缘关系或接触关系。对于这种汉语与相关语言之间的比较研究非常重要，但往往不便纳入“汉语言文字学”学科或“中国少数民族语言文学”学科之内。如果汉语研究与周边其他民族语言研究各自为阵，缺乏相互的交叉研究、比较研究，将使许多学术疑难问题无法解决：局限于一种语言文字的研究，不易发现语言文字演变的普遍规律，或者会把普遍的东西当成某种语言文字的特点。现代科学的发展要求打通学科之间的界限；跨专业、跨学科的交叉性研究往往是最具有创新空间之处。从近20年语言学科发展的大趋势看，跨专业和多语言的比较研究是其新的生命力和学术增长点所在。学界已日渐形成共识：必须打通语言界限，改变汉语或少数民族语言各自为阵的研究格局，拓展学术视野和学科范围，在更广阔的背景下，使汉语研究和少数民族语言研究并重，二者密切结合、互相促进。这是中国语言学发展创新的必由之路，其发展前景十分广阔。
比较语言学研究中心将以科研项目为纽带，综合发挥多学科的优势，以历史比较语言学、类型比较语言学、双语及方言比较研究、汉语与非汉语的比较研究、比较文字学等——这些在我国尚属相对薄弱且亟待开垦的领域——为主要研究范围和研究方向，积极争取科研规划立项和“横向”立项，开展多种形式的学术活动和对外交流合作。
在人才培养方面，该中心将致力于培养跨学科、跨语种的复合型、创新型人才，其中从2005年起特别招收新增“比较语言学”硕士和博士授权学科的考生，以适应高层次语言研究、尤其是当前蓬勃发展的对外汉语教学和民族地区双语教学工作的需求。
该中心在运行机制上，模拟教育部和南开大学《普通高等学校人文社会科学重点研究基地管理办法》规定的“科学研究”、“人才培养”、“学术交流”和“资料信息建设、咨询服务”、“深化科研体制改革”等五项标准建设，积极积累经验，争取申报成为国家教育部人文社会科学重点研究基地。
人员组成：
中心主任：曾晓渝教授；
学术顾问：马庆株教授；
学术秘书：孔祥卿博士
